前述林阿蓮乃本宮堂主蔡傑雄、委員林瑞仁的曾高祖，當初要從海邊遷居山區埔里時，不但路途遙遠又有泰雅族原住民隨時會出草獵人頭的威脅，因此恭請天上聖母神尊隨行庇佑，媽祖娘娘從護佑討海人的海神隨著信徒的祈求與需要變成山神。當時舉家搬遷、處境艱險的拓荒者，在天上聖母的庇護下，閤家平安扺達埔里，也順利的在嶄新的他鄉落地生根繁衍後代。
媽祖神尊初扺埔里時採頭家爐主制，族人必須依時到爐主家祭拜。直到民國77年才由蔡阿甚女士（蔡傑雄、林瑞仁的祖母）捐出97坪土地搭蓋臨時奉安所奉祀媽祖，正式結束頭家爐主制，爾後信徒都到奉安所祭拜媽祖神尊，並請大智法師（鍾正吉先生）講經說法，教授經懺，並傳授祭典科儀。
奉安所的格局畢竟太小，因此信徒陳秀蘭女士商請結拜姐妹七人共同發起募款建廟，首先成立籌建委員會，由陳威仁先生擔任主委。林萬金女士（林瑞仁、蔡傑雄的姑媽）立即響應，率先捐錢購得現今廟地，並舉行破土儀式，然而由於所募經費嚴重不足，廟宇遲遲無法動工。地方耆老王河松先生乃極力邀請邱英文先生出來領導建廟，邱先生也慨然答應，不計代價接下重任，先墊支建築款項並全力以赴，因此在短短一年之間，於民國81年完成一樓廟堂，並於同年10月12日舉行天上聖母鎮座大典。接著又於82年10月25日完成二樓工程，並舉辦天公殿玉皇大天尊鎮座典禮。爾後兩旁的鐘樓及鼓樓也陸續竣工，至此整座廟宇可說大致完成。
埔里日南天后宮的聖母從咸豐10年（1860）來此，至今已超過150餘年了，在這漫長的歲月中神蹟不斷，因而深得信徒的崇拜。
主奉：天上聖母
陪奉：城隍爺公、福德正神
地址: 南投縣埔里鎮房里里三勰路27-3號
電話: 049-2914256
FB專頁：https://www.facebook.com/sun2914256/
官方網站：http://www.pulimazu1860.com/
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