福隆宮昔時屬台南府治鍞北坊，坐落府城北偶、燕潭之南，大北門城城門南向約200米處，小東門城則在本宮左側向東直線距離約650米。肇建於明末永曆年間 (西元一六四七 ~ 一六八三年) 《台灣通治》昔時原名「福隆境」，世居在地耆佬亦所述先民移墾時為求海途平安，自福建同安縣白礁迎奉保生大帝來台。隨著「市仔頭街」日趨繁榮，市集攤商販夫及落籍的住民漸眾，乃倡議整頓已見頹廢的祠廟，於清嘉慶七年 (西元一八Ｏ二年) 著手重建。道光及光緒年間續有修葺。為當時往永康、新化、玉井等地之交通要道，連絡府治內外，清代大、小北門的外側為農業地帶，外地農產多經人力挑運入城，經大北門運入的貨物以米穀為主，就在福隆宮前庭交易遂成為米市，為當時唯一之米市場，居民聚居成街，繁華一時，稱為「市仔頭街」，福隆宮遂有市仔頭廟之稱。
本地多為福建省同安縣白礁移民，本宮之肇建於明末永曆年間，據父老回憶云，本宮大帝尊像，係先民移墾時，為求海途平安，自福建省同安縣白礁迎奉保生大帝來臺者也。隨後市仔頭街逐漸繁榮，眾人乃倡議立廟，以供朝夕膜拜，均霑大帝靈澤，立廟之後，大帝神靈顯赫，信者雜沓香火鼎盛。
日人領台，拆大北門城，築鐵路，大北門城内建公園，交易腹地驟失，市仔街乃漸趨沒落成六米不及窄巷，居民或另謀生計它遷，致廟務一時荒廢。民國四十一年，成立首屆管理委員會，重整神宮與廟務，保生大帝及吳府三千歲濟世救人，靈通三界，威伏群魔之顯聖事蹟，四方傳聞，前來祝禱者日增，香火鼎盛，威名再現。民國四十四年莊新全、張添壽、黃進成、郭水源、曾大池、陳大抱、李春標等發起募捐修建，民國四十五年終告完竣，規模始具，民國四十八年己亥年農曆十二月建醮。歷二十三年，風雨無情樑柱腐蝕飾物斑剝，民國七十一年依大帝暨吳府千歲降臨指示，拆除舊廟重建，境內外信眾合力捐輸，廟堂於民國七十八年全部峻工，現貌為鋼筋混凝土南方式建築，座北朝南，正殿為歇山重簷，門開三間，兩側有鐘鼓樓。並於同年舉行三朝慶成祈安清醮大典，祭典盛況空前熱鬧非凡。
福隆宮正殿主祀 保生大帝 ，同祀 文衡聖帝、吳府千歲。配祀五府 (李府、池府、吳府、朱府、范府) 千歲，康王、趙王二元帥，關平、周倉二將軍，中壇元帥、徐甲真人及黑虎大將軍等神祉。全臺白龍庵百壽堂張部駕前孫將軍、斌將軍因緣寄祀於本宮。後殿則供俸觀音佛祖、註生娘娘、福德正神。
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