土庫順天宮創始於清順治年間（土角廟），三百餘年前於中正路橫越廟前公有市場草創廟宇，主祀 天上聖母。迭經翻修重建，廟貌軒昂。香火鼎盛，為全省數百餘座媽祖宮廟歷史悠久之一者。聖母顯靈事蹟，更為四鄉徒眾津津樂道，其靈籤卦卜，預測禍福吉凶，尤屢驗不爽。當她諺語有云：「北港聖，不值土庫定」。又云：「塗褲媽祖應外香」。故本省各地聞風而來進香禮佛者，絡繹於途不知凡幾，更有遠自東瀛(日本)來此奉迎分靈者，尤屬盛事。
清道光十四年（西元1834年）興建現有規模之前殿。咸豐二年(西元1852年）整修前殿、敬聖亭及左廂（今三官大帝殿)，光緒二年(西元1876年）續建右廂（今文昌帝君殿），始完成整座壯觀廟宇。
民國廿五年（丙子年）鑑於歷經貳百餘年歲月，頗遭風雨之害，由興建董事條崎喜代吉（日本人任職土庫街長）、林永振、陳榮士、顏丁全、陳清泉、林昭頂、陳台炬、林進戮力籌畫集資重修，於是年一月十八日興工，舊容改撒，全廟煥然一新，於民國廿七年（戊寅年）一月十六日入火安座。民國廿九年慶戌大典。
民國廿九年（昭和十五年）日本政府在台灣實施皇民化政策，逼迫台灣人民改信日本神道教。是時台灣總督府下令台南州轉飭斗六郡、 虎尾郡為第一批執行區，轄內地方寺廟一律拆除，其所謂異教神像必須焚燬。當時本宮重修董事條崎喜代吉虔信 聖母，唯恐甫經重修之廟宇慘遭日本損燬之浩劫，乃設法接洽日本奈良縣五條叮常樂院，聲請本宮加盟為「常樂院土庫分院」遂派該院住職深田寬山前來本宮住持，並迎請日本觀世音菩薩神像一尊至本宮正殿奉祀。本宮天上聖母、列位正神與六房天上聖母則暫時退隱後殿供奉，才免遭日本政府損毀災厄。
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