苗栗玉清宮創建於清朝光緒32年(西元1906年)於玉清里坡塘下1鄰1號，即建功國小後面，原名坡塘下玉清宮(恩主公)，於民前2年清宣統2年春(1910年)，由黃文祖主持，並由徐立春、黃南球、鍾輝煌、羅琳德、徐清松、江添喜等六人發起向新竹廳申請設宮許可，同年3月29日新竹廳申請以279號指令批准。當時命名為觀音宮，後來改為玉清宮舉善乾化堂，於民國6年(1917)冬宮宇竣工。
民國24年台灣中部大地震，苗栗地區嚴重受損且連綿豪雨，房屋倒塌無數，當時以陋就簡僅整修復舊而已，迨至民國54年由省議員湯慶松等發起把舊廟拆除重新加蓋鋼筋混凝土，琉璃瓦屋頂，遂於民國56年冬竣工。
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