慶安宮之創建，有其淵源之史蹟，遠溯自西曆1661年，清順治 十八年四月二十九日，當年延平郡王鄭成功，為驅荷逐寇、反清復 明，率兵由鹿耳門北線尾(亦作北汕尾)登陸，並隨奉天上聖母，入台後，安奉於媽祖宮(地名)以祈神靈之庇佑，其後，即派兵順水路入西港駐紮，隨身恭請境主公、中壇元帥，以作庇護；據先代傳述，其時兵士中有一位大陸堪輿家(俗稱地理師)，頗諳山川地理，鑑賞慶安宮現址為鯉穴聖地，鍾靈毓秀，如能於此建廟奉神，必可「彰顯神威」、「護佑萬民」等語，當時地方先賢有識之士聞此之言，隨即集資楚楚建立神壇，供奉境主公、中壇元帥諸神，以作晨昏之膜拜，時在康熙年 間，是為慶安宮建立之緣起。
迨至康熙五十一年，歲次壬辰 六月初一 日(農曆)，鑑於參拜日眾，威靈日顯，始將原有簡陋之神壇，改建為小型廟宇並署名「慶安宮」，是為慶安宮 建廟之始。隨後乃前往媽祖宮(即今鹿耳門天后宮)，恭迎天上聖母入宮奉祀，並配祀城隍境主、中壇元帥、福德正神等諸神，從此尊神得安其所。
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