北極、玄天皆指方位之北方，東方甲 乙（木）屬青龍，南方丙丁（火）屬 朱雀，西方庚辛（金）屬白虎，北方 壬癸（水）屬玄武（龜蛇），玄武是 對北斗七星的尊稱，玄天上帝是對其 神格化的名諱。據廟方資料，玄天上 帝名諱起源自黃帝時期。
於宋朝因避諱真宗玄休、玄侃之名， 改名為真武大帝、帝爺公。明太祖朱 元璋再恢復改名為玄天上帝，並取廟 名為「北極殿」。
本廟係明永曆十五年（清順治十八年西元一六六一年）歲次辛丑年十月，鄭成功部將倡建茅屋， 奉祀開天炎帝、玄天上帝，原位於距今廟址西南一里處，俗稱「舊廟地」。
九龍太子宮創建人即原任麻豆太子宮執行長黃益人先生經考證古籍，並經多次參拜太子爺祖廟發祥地－四川省宜賓市翠屏山，於民國八十二年四月三十日率團赴四川成都，恭迎原哪吒洞失落已久的「蓮花三太子」開基祖神來台，暫寄祀於麻豆太子宮。蓮花三太子開基祖神金尊，為高四尺二寸漢代銅鑄古物，神態安祥，盤座蓮花台上，髮髻雙垂，身圍紅兜，臂撓金環，造型栩栩如生，冶鑄功力精湛，此尊神像已於民國八十七年六月十九日恭迎請至下營九龍太子宮鎮殿。
嗣後，又將於民國八十四年八月廿五日恭迎來台的大法四川宜賓翠屏山哪吒洞之開基祖神「九龍三太子」，由寄祀於麻豆太子宮迎至台南九龍太子宮，奉為鎮殿主神。
九龍三太子金尊為漢代古物，身高六尺，聰靈慧黠，不脫童稚純真，左手銅環高舉，右手握金鎗，肩披混天綾，足踏夔龍，憑清虛而御風，滿露千年風霜，銅銹斑斑，具鍾鼎之象，令人心憾神動，肅然起敬。
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