淡水福佑宮建廟的歷史遠溯自清朝乾隆壬寅四十七年（西元1782年）創建，是淡水最早草創的廟宇。記錄淡水拓墾歷史，根據史料記載淡水福佑宮是由福建廈門沿海，六邑：武榮（南安）螺陽（惠安）、晉水（晉江）、桃源（永春）、清溪（安溪），銀同（同安），懷反清復明之志士相率渡臺，順迎湄洲媽祖蒙佑。先建廟於滬尾（即為今日：淡水），普濟航海，咸沐神恩之浩瀚。旋於嘉慶元年（西元1796年）重修落成。
本宮源自面向淡水河，舟船往來、每溼黑之夜，輒多兇險，居民也在油車口增建一座燈塔「望高樓」，以便船隻能出入平安。民國六十一年，熱心信徒發起修建，由永春鄭金虎撰碑：「母儀稱后，水德參天，福佑湄洲」，撥遷望高樓，海航仰瞻此後，新興的市街都以福佑宮為中心，淡水發展的起點。民國84年7月七月經內政部公告指定爲三級古蹟。
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