太平天國期間，咸豐四年（1854年），泉漳移民為避免戰亂到此建立家園，為求出海捕魚及經商平安，而去福建莆田湄洲請神來建立媽祖廟。媽祖稱為「舊塗葛堀港三媽」、「伸港媽」。
乙未戰爭後，廟身一度被日警佔用，後廟宇遭毀，日警遷至伸港的水尾街，至1920年在今廟址重建，1924年完工。戰後擴建為三殿式三開間的大廟。1959年5月15日起皆連三天，廟方舉行媽祖進駐一百周年慶，兼支持1959年西藏抗暴運動。之後又於1971年、1993年等連番擴建。2000年11月17日重修正殿（聖母殿）、玉帝殿落成啟用，並同時舉安土祈安、 送大爐。
太平天國期間，咸豐四年（1854年），泉漳移民為避免戰亂到此建立家園，為求出海捕魚及經商平安，而去福建莆田湄洲請神來建立媽祖廟。媽祖稱為「舊塗葛堀港三媽」、「伸港媽」。
乙未戰爭後，廟身一度被日警佔用，後廟宇遭毀，日警遷至伸港的水尾街，至1920年在今廟址重建，1924年完工。
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