城邑慈濟宮奉祀主神保生大帝,相傳乃明鄭元帥劉國軒,祀奉在戰艦上之保護神。鄭氏據臺後,奉祀於左營萬丹港南岸(現今內惟桃子園)。西元1680年鄭經入臺,天行疫癘,將士們損失過半,遂飛船回閩,自青礁祖廟迎回十尊保生大帝聖像,原本的保生大帝化後入神其中,分祀於安平鎮及萬年縣十角落,翌年(西元1681年),大疫竟息。
後慈濟宮保生大帝建廟奉祀於興隆庄北,乾隆年初建慈濟宮於縣署前大街,道光五年(1825年)鳳山舊城竣工,總兵陳瓊號召城內士紳重修慈濟宮,並領地五分田、享租三十石。
日治昭和十二年(1937年)建左營軍港,舊城徵為要塞,保生大帝被迫遷出,暫安奉於內惟鎮安宮,後遷新莊黃宅,再遷於埤子頭陳宅。民國三十九年(1950年)轉購於埤子頭西巷九號,迎回大帝金身建宮奉祀。民國四十八年(1959年)於現址蓮潭路九號,左營仕紳集資重建城邑慈濟宮,並成立龍虎社修善堂扶鸞濟世。民國六十三年(1974年)奉保生大帝意旨,興建慈濟宮龍虎塔於蓮池潭畔,名聞於世,遂成為觀光、宗教勝地。
民國八十九年(西元2000年)再奉保生大帝旨,重建慈濟宮並整修龍虎塔,於民國九十三年(歲次甲申)四月十六日破土重建,至民國九十七年(歲次戊子)四月初一日入火安座大吉。民國一百零三年(歲次甲午)十一月初八日起欽奉玉旨舉行一朝慶成謝土暨三朝祈安清醮;同月十六日前往安平港北岸恭請聖火回駕遶境。
主奉:保生大帝
陪奉:朱府千歲(鄭成功)、曹府千歲(曹謹)、註生娘娘、福德正神,配祀虎爺、馬使爺、太歲星君、文昌帝君、阿彌陀佛、孔夫子、觀音菩薩和地藏王。
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